« 2009年05月 | メイン | 2009年10月 »

2009年06月 アーカイブ

2009年06月05日

古代ローマでは議会に相当するものとして

古代ローマでは議会に相当するものとして元老院と民会を挙げることができる。王政打倒後の共和政ローマでは行政は政務官が担当したが、これらの政務官はローマ市民によって構成された民会を通じて選出された。もともとは王への助言機関であったといわれる元老院は政務官経験者から構成され、法案の審議や政務官候補の選出などを通して国家方針の策定に大きな影響力を握った。古代ローマでは最終的な立法権や政務官の選出権は民会が独占していたが、元老院は家長の集合から出発したという伝統を背景とした圧倒的な権威を用い、民会の動向を事実上左右することができた。

当初、政務官職は貴族(パトリキ)のみに許され、元老院は貴族によって独占されていた。身分闘争の結果、政務官職が平民(プレブス)にも開かれると有力者であれば平民でも元老院に議席を持つようになり、旧来の貴族に有力平民を加えた新貴族(ノビレス)と呼ばれる有力者層が形成されるようになった。この新貴族は元老院議員を世襲によって独占するようになり、伝統を重視してローマの政治を自分達中心に運営していこうとした(閥族派)。一方で、ノビレスの中でも閥族派には属さず、潜在的には力を持ちつづけていた民会と一般平民の力を利用して自己の勢力拡大と政治課題の実現を達成しようとする者も現れるようになった(平民派)。有力な平民派政治家に主導された民会はときに元老院の意向に反した行動をとることもあった。

こうした元老院と民会の仕組みは現在の上院、下院の概念の基礎ともなり、アメリカ合衆国連邦議会等は名称や機能等制度設計などで古代ローマを参考にしている。

元老院も民会もアウグストゥスによってローマの政治体制が共和政から帝政に移行した後も存続したが、「帝政」という一つの人格に全ての権威と権限が集中する政治体制の中では徐々に形骸化していった。

中世から続いた絶対王政からの脱却と言うものが多く「議会」という語はヨーロッパ中世の「封建議会」を指す場合にも用いられる。近代議会政治は英国・アメリカ合衆国・フランス等で確立し、他の諸国に普及していった。

アイスランドでは、930年に定住地域ごとの「シング」(民会)が統合した「アルシング」と呼ばれる「議会」が創設された。これは極めて民主的なもので議会制民主主義に基づく近代議会政治における世界最古のものと言われ現在にまで至っている。
外国語 観光 コスメ 行政書士 ネイル ビジネス 乗り物 老人 離婚 ぜん息 癒し 家庭教師 電器製品 語学 関東 メイク 動物園 香水 SEM促進 暮らし 経営 探偵 整体 生活雑貨 健康 健康食品 学習指導 交通 音楽 中国四国 しみ取り SEO対策 旅館 審美歯科 増客対策 癒し 行政書士 お祝い 整体 食品 ショップ 園芸 検定 宿泊施設 専門学校 地域情報 メイク 旅行代理店 フレグランス フランチャイズ

英国の封建議会は、絶対王政時代に力を弱めつつも消滅に至らず、近代議会に接続した稀な例である。英国議会は国王が掌握する行政府に課税承認権を盾にとって対抗し、行政の恣意を制限しようとした。国王との対立が決定的になると、1649年に清教徒革命が生じ国王を処刑し、1688年の名誉革命で国王を追放した。名誉革命以後の議会は引き続き国王の行政権力を認めたが、しだいに権限を拡大し、18世紀半ばに議院内閣制を実現して行政に対する優位を確立した。現在の歴史学会の通説では、フランスに脅威を感じたオラニエ公(後のウィリアム3世)が英国の動向に目を着け、その大義名分として権利章典の内容をなすビラをばらまいたとされる。

この過程で下院である庶民院の選挙権が拡大・公平化され、身分制・特権議会は、真に国民代表機関となった。またきわめて早くから政党が発達したため、議会だけでは世論統合のスピードが遅かっただろうところを、政党が中間団体としてよく世論をまとめ、国民に明快な選択肢を提供し続けて来たことも、英国議会政治の成功の一つの理由である。

また現在もその後のままに世襲貴族や任命貴族による上院に相当する貴族院も残存している。貴族の院という名目は形骸化し、一代貴族に任命された有識者による再考の院という側面が強くなっている。

2009年06月22日

バイオインフォマティクスとコンピュータ

バイオインフォマティクスの基本的なワークフローは、以下のようなものである。

ハイ・スループットな実験手法によるデータの蓄積
目的に応じたデータの加工、標準化
解析(データマイニング、可視化、その他統計的手法による分析など)
このいずれの段階でもコンピュータは使用される。その形態はパーソナルコンピュータ (PC) を利用したスクリプトによる小規模なシーケンスデータ加工から、産業技術総合研究所生命情報工学研究センターなどによる IBM Blue Gene のような20TFlopsのスーパーコンピュータから大規模なコンピュータ・クラスターやグリッド・コンピューティングを用いたタンパク質の立体構造解析(タンパク質構造予測)まで様々である。

プログラミング言語 [編集]
バイオインフォマティクス研究には、それぞれの目的に応じたプログラムの作成が欠かせない。プログラミング言語としては一般的な科学分野と同じように、いわゆる「重い」計算(タンパク質の二次構造、三次構造の予測——タンパク質構造予測などはその一例)を行なうときにはC等の比較的低水準な言語も用いられるが、塩基配列と言う巨大な「文字列」を扱う局面が多いため、テキスト処理を得意とする言語であるPerlの利用が盛んである。

perlは、正規表現等の強力な文字列処理機能を持っているため配列解析に有効なだけでなく、プログラミングのトレーニングを積んでいないことが多い生物学出身の研究者にも比較的容易に習得できるという長所を有する。更に、早い時期から生物学的データの加工に用いることのできるbioperlなどのライブラリが整備されたため、いっそう有用となった。ある配列の公開配列データベース (NCBI GenBank など) からの取得、GenBankフォーマットやEMBLフォーマットで記述されたファイルからの情報抽出、BLASTの自動化等はきわめて容易に行える環境が整っている。

研究用プログラムの開発に使われる言語としては他に以下のようなものがあげられる。これらの殆どにそれぞれバイオインフォマティクス用のライブラリが開発されている。

C++ - C言語を元に新しいプログラミングパラダイムを取り入れて開発された言語。
Java - オブジェクト指向および仮想マシンという概念を取り入れた言語である。BioJava というパッケージが存在する。
Python - 汎用インタプリタ言語である。BioPythonというパッケージが存在する。
Ruby - Javaと同じくオブジェクト指向プログラミング言語である。BioRubyというパッケージが存在する。
R言語 - オブジェクト指向の数値解析言語。行列処理・文字列処理・グラフ機能に優れたフリーソフトウェア。FDA公認。CRANシステムで日々機能強化され、Bioconductorネットワークにパッケージが集約されている。
日本の物語
私たちの憲法
ハムスター
大気のお話
住宅用語
野菜事典
知って得証券語
南北朝時代
栃木の湯めぐり
蘭の世界紀行
空手道
歯周炎
植物園
銀行
商社
フェンシング
アパレル
映画祭
肝炎
お化け屋敷

データベース [編集]
生物学研究に用いられる主なデータベースは、以下のようなものが挙げられる(カッコ内は例):

配列データベース(DDBJ, EMBL, GenBank[1], Swiss-Prot[2])
立体構造データベース(PDB[3])
パスウェイ・ネットワークデータベース(KEGG[4], BIND)
マイクロアレイデータベース (ArrayExpress)
文献データベース(MEDLINE/PubMed[5])
オントロジーデータベース(遺伝子オントロジー)
データはフラットファイル(一般的なテキストファイル)に比較的単純な形で保存されているケースも多いが、研究が本格化してデータ量が増大してくると、より効率的な利用を図るために関係データベース管理システム (RDBMS) やXMLなどを利用したより高度な管理が図られることが多い。生物学の研究においては、複数の公共データベースからのデータを使ったデータマイニングが非常に重要度を増しているため、データの相互利用と言う観点からも、XML、Webサービスなどの標準的技術の利用は今後も進んで行くと思われる。この考えを更に進め、セマンティック・ウェブ関連の技術(RDFやOWLなど)を利用した、コンピュータによるデータの相互利用を模索する動きもある。BioPaxプロジェクトなどはその一例である。

バイオインフォマティクスで扱うデータは、一次元の文字列(シーケンス全般)から、三次元構造のマトリクス (PDB) 、計算機科学におけるグラフ(ネットワークデータ全般)、遺伝子オントロジーのような非循環有向グラフ (DAG; directed acyclic graph) と言った非常に多岐にわたるデータ構造を持つ。従って、それらを有機的に結びつけ、有効に活用するためには、最新の情報関連技術が不可欠である。

日本語を母語とする人々にとっては、日本語でいろいろなデータベースのサービスを提供している以下のようなサイトが便利である。

ゲノムネット
DDBJ 日本DNAデータバンク
PDBj 日本蛋白質構造データバンク

ソフトウェア [編集]
バイオインフォマティクスの一環として、非常に多くのソフトウェアが開発され公開されている。多くのソフトウェアがオープンソースとされており、研究者は自由に利用することができる。

広く知られた解析用ソフトウェアとしては例えば以下のようなものがある。

NCBI BLAST[6] - シーケンス・アライメントに用いられる代表的ソフトウェア。
HMMER - 隠れマルコフモデルを利用するためのパッケージ。モチーフ検索などに用いる。
Cytoscape - タンパク質・遺伝子ネットワーク可視化、マイニングのためのプラットフォーム。
Bioconductor - R言語(フリーウェア)用 ゲノムデータ解析パッケージ集のオープンソースプロジェクト。
データベースを基盤として必要とするソフトウェアは、開発元がWebブラウザから利用できるウェブアプリケーションとして公開している場合も多い。

About 2009年06月

2009年06月にブログ「陸翔の波瀾万丈」に投稿されたすべてのエントリーです。過去のものから新しいものへ順番に並んでいます。

前のアーカイブは2009年05月です。

次のアーカイブは2009年10月です。

他にも多くのエントリーがあります。メインページアーカイブページも見てください。

Powered by
Movable Type 3.35